ربما كان تقديم المتهيمن على ذمة قضايا إرهابية إلى المحاكمة هو الحدث الأبرز خلال العام 2004م، فقد شكل هذا الحدث بداية لإغلاق ملفات القضايا المتعلقة بالإرهاب والتي ظلت محل تباين في الآراء سواء بين الحكومة اليمنية، وحكومة واشنطن من ناحية أو بين الحكومة اليمنية والمعارضة اليمنية التي ظلت تتخذ من استمرار اعتقال هؤلاء المتهمين ذريعة للقول بوجود انتهاكات لحقوقهم.
أ-  محاكمة المتهمين في قضية ليمبورج
29- مايو 2004م- بدأت المحكمة الابتدائية الجزائية المتخصصة أولى جلسات محاكمة  المتهمين بحادثة تفجير السفينة الفرنسية ليمبورج قبالة سواحل المكلا في 20002م حيث قدم إلى المحاكمة 15 متهما هم.
- فواز الربيعي   - ابو بكر الربيعي
- عارف مجلي  - حزام مجلي
- قاسم الريمي   - محمد العماري
- محمد الديلمي   - ابراهيم هويدي
- عبدالغني قيفان  - فوزي الحبابي
- فواز الوجيه   - عمر سعيد جار الله
- خالد الجلوب  - سيلم الديلمي
-  ياسر المداني" حوكم غيابيا"
-  ووجهت لهم النيابية تهم.
-  تشكيل عصابة مسلحة لإقلاق أمن المجتمع.
-   الانتماء إلى تنظيم القاعدة.
-  الضلوع في تفجير ناقلة النفط الفرنسية ليمبورج
-  قتل الجندي حميد خصروف أثناء تأدية واجبه
-  تفجيرات في مبنى الهيئة العامة للطيران المدني
-  إطلاق النار على مروحية تابعة لشركة هنت
-  الاعتداء والهجوم على منازل عدد من مسئولي الأمن
-  التخطيط لاغتيال السفير الأمريكي بصنعاء وتفجير عدد من السفارات.
28 – أغسطس 2004م- دانت المحكمة الجزائية المتخصصة المتهمين الـ(15) بالتهم التي وجهتها اليهم النيابية العامة بعد أكثر من 15 جلسة حيث قضى الحكم الذي أصدره القاضي أحمد الجرموزي بإعدام المتهم حزام مجلي لقتله الجندي حميد خصروف والسجن لبقية المتهمين مددا تتراوح بين 3 وعشر سنوات.
10 – أكتوبر 2004م بدأت الشعبة الاستئنافية بالمحكمة الجزائية المتخصصة برئاسة القاضي سعيد القطاع أولى جلسات الاستئناف بخصوص المتهمين في قضية ليمبورج والقضايا الأخرى وفي الجلسة طالبت النيابية بإعدام فواز الربيعي وتشديد العقوبات على بقية المتهمين.. 
 ب. محاكمة المتهمين في حادثة تفجير المدمرة (كول)
بعد مرور أكثر من شهر على تقديم المتهمين في قضية ليمبورج إلى المحكمة وفي   الوقت الذي كانت فيه المحكمة مستمرة في النظر في القضية أعلنت السلطات اليمنية تقديم المتهمين في حادثة المدمرة الأمريكية “كول” إلى المحكمة.
7- يوليو 2002م بدأت أولى جلسات محاكمة 6- أشخاص بتهمة التورط في حادثة تفجير المدمرة الأمريكية "“كول”" بميناء عدن في 12-10-2000م ما أدى إلى مقتل 17 بحارا أمريكيا وإلحاق أضرار بالمدمرة وفي أولى جلسات المحاكمة وجهت النيابية العامة إلى كل من.
1-     عبدالرحيم الناشري" حوكم غيابيا".
2-     جمال البدوي
3-     فهد القصع
4-     مأمون أمصوة.
5-     علي المركب.
6-     مراد السروري
ووجهت إليهم تهم شملت
1-     الانتماء إلى تنظيم القاعدة وتشكيل عصابة مسلحة لإقلاق أمن المجتمع.
2-     التورط في حادثة تفجير المدمرة الأمريكية “كول”. واستمرت المحكمة في عقد جلساتها حتى أواخر سبتمبر.
29- سبتمبر 2004م- أصدرت المحكمة الابتدائية المتخصصة برئاسة القاضي نجيب القادري حكما قضي باعدام عبد الرحيم الناشري وجمال البدوي، والسجن ليقيه المتهمين الأربعة مددا تتراوح بين خمس إلى عشر سنوات
8 ديسمبر 2004م - بدأت أولى جلسات الاستئناف في قضية المتهمين بتفجير “كول” حيث طالبت النيابة بالمصادقة على الحكم الابتدائي بحق المتهمين الرئيسين الناشري والبدوي، وانزال عقوبة الإعدام بحق المتهمين فهد القصع، ومأمون أمصوة، وتشديد العقوبة على المتهمين الآخرين في القضية.
27- نوفمبر 2004م- محاكمة شخصي يمني- يحمل الجنسية الأمريكية يدعى محمد جمال البناء بتهمة الشروع بطعن أجانب، وحكمت عليه المحكمة بالسجن 6 سنوات .